マイナンバー管理システム のログインアカウントに付与される、権限（ロール）の1種。
当サービス利用開始時に、1会社コードあたり1つのシステム管理者アカウントがNTTデータ担当者より払い出される。
払出しを受けた依頼元企業は、このシステム管理者アカウントを用いて、必要な数だけ、業務管理操作者アカウントを作成する。また、システム管理者アカウントでログインできなくなると、主たるマイナンバー管理業務が実行不能になるため、パスワードを厳重管理するか、またはスペアのシステム管理者アカウントを作成しておくとよい。